微生物组（Microbiome）是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体，包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒在内。目前，宏基因组和宏转录组是在高通量测序背景下研究微生物组的主要技术手段。

宏基因组（Metagenomics）

宏基因组又叫微生物环境基因组、元基因组。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。宏基因组学摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。

图1.宏基因组技术路线图

宏转录组（Metatranscriptome）

宏转录组是特定时期、环境样本、组织样本中所有的微生物的RNA（转录本）的集合。通过对这些转录本进行大规模高通量测序，可以直接获得环境中可培养和不可培养的微生物转录组信息。这种技术不仅具有宏基因组技术的全部优点，可以检测环境中的活性微生物、活性转录本以及活性功能进行研究，还可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径，揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，探索环境与微生物之间的互作机理。

图2.宏转录组技术路线图